Genetica studie 2023 DNA test - Duchesse de Hedwige

DUCHESSE DE HEDWIGE
DUCHESSE DE HEDWIGE
Ga naar de inhoud
Stabyhoun Diversity
LEUKE FEITEN  01-2023
Stabijhoun met stamboom getest = 650
niet-stamboom geteste look-alikes = 26
Lee, Stabyhoun Diversity project 2021
 
LEUKE FEITEN 11-2021
 Stabij met stamboom getest = 500,
niet-stamboom geteste look-alikes = 26
Bij de analyse van stamboomgegevens met Pedscope hebben we de volgende aannames gedaan:
 Staby's werden opgenomen in de analyse IF:
 Ze hebben nakomelingen voortgebracht
Mannetjes zonder nakomelingen tussen 2-10 jaar (één per nest)
Vrouwtjes zonder nakomelingen tussen 2-6 jaar (één per nest)
 
Totaal van 3150 Staby's van ongeveer 19700 (16% van totaal)
 
Vervolgens hebben we honden verwijderd die niet langer de fokleeftijd hadden en nakomelingen hadden, en alle intacte honden toegevoegd die DNA-testen hadden gedaan! Dit bracht het aantal honden terug tot 1450 honden voor analyse - ongeveer 7% van alle Staby's in ZE Database.
 
PEDIGREE ANALYSE KAN ONS EEN KANS BIEDEN OM STATISTIEKEN TE BEKIJKEN VOOR ONS RAS. Wat is er gebeurd en waarom? Wat is in het voordeel van het ras en wat niet?
 
Aan het eind van de jaren zeventig vielen de geboorten plotseling met de helft terug. Is dit een juist beeld, of was dit een tijd waarin mensen onafhankelijk fokten en geen stambomen opvroegen? Het was rond de tijd dat er röntgenfoto's van de heup nodig waren voor de fokkerij, dus misschien heeft alleen die reden deze daling veroorzaakt. Iets om over na te denken, want misschien is er vandaag de dag nog onaangeboorde diversiteit in de bevolking.
 
Sinds 2000 is er een snelle toename van het aantal geboorten van ongeveer 200 per jaar tot 800 per jaar. Dit is prachtig voor het ras ALS het wordt gedaan met aandacht voor diversificatie en het gebruik van een optimale bijdrage om zoveel mogelijk genetisch materiaal te behouden. Het maken van een grotere populatie fokhonden, niet alleen huisdieren, is wat helpt om de gezondheid van een ras te behouden. Een bevolkingsexplosie!
Als we kijken naar de gemiddelde leeftijd van de eerste dekking, zien we dat de meeste eerste nesten voornamelijk tussen de 2 en 4 jaar oud zijn en de meerderheid zelfs jonger dan 3 jaar.
 
Een suggestie van onze adviseurs is om de 'generatiekloof' te vergroten tot bijna 4 jaar. Door dit te doen, laten we onze honden volwassen worden en komen we meer te weten over wie mogelijk drager is van ziektemutaties zoals epilepsie, op steroïde reagerende menagitis, heup- en elleboogdysplasie.
 
Het zou ook helpen het tempo van de stijging van onze COI te vertragen.
Laat uw 2- en 3-jarige pups puppy's zijn! Er is genoeg tijd om een nestje of twee te hebben als ze volwassen zijn!
Laten we eens kijken naar het verschil tussen de termen Mean Kinship en Inteeltcoëfficiënt.
 
Mean Kinship beschrijft de GEHELE Stabijhoun-genenpool
• Gemiddelde verwantschap is een maat voor de genetische diversiteit van de HELE populatie.
• De verwantschap van een enkele hond wordt vergeleken met de rest van de HELE populatie.
 COI beschrijft de relatie van TWEE Stabijhoun.
• COI beschrijft de genetische relatie tussen twee INDIVIDUELE Stabijhoun, de ouders van de potentiële nakomelingen.
 Daarom zegt Mean Kinship van een enkele hond NIETS over de verwantschap met een andere ENKELE Stabij.
COI zegt niets over de genetische diversiteit van de HELE Stabijpopulatie.
Onze stamboomanalyse van de fokbare Stabijen van vandaag laat ons zien dat de gemiddelde inteeltcoëfficiënt (de kans dat pups hetzelfde allel van beide ouders zullen erven) erg hoog is voor ons ras. Het gemiddelde is meer dan 32,3% inteelt waarbij de laagste 27% is en de hoogste meer dan 42%. Als we niets doen, kan de COI binnen nog eens 50 jaar oplopen tot 60% en is alle heterozygotie verloren. Zonder heterozygotie is er geen manier om te selecteren op eigenschappen of iets anders goed of slecht dat je zou willen veranderen. Herinneren! 25% inteelt is hetzelfde als fokken van ouder en kind of twee broers en zussen! Zeker, we deinzen terug voor dat idee.
  
Er is veel anticipatie geweest over de toevoeging van Mean Kinship aan ZooEasy, maar zoals je hier ziet is er weinig verschil tussen de minimale en maximale verwantschap. Daarom bevelen we aanvullende stappen aan om diversiteit te vergroten, zoals het gebruik van Look-alikes en outcross.
  
Het zou het doel van elke fokker moeten zijn om ten minste twee pups van elk nest naar fokhuizen te laten gaan om de diversiteit te behouden. Sommige recente nesten met interessante genetica hebben slechts één of zelfs geen pups gehad die naar huizen zijn gegaan die geïnteresseerd zijn in fokken.
 Onze database is grotendeels compleet dankzij de NVSW.
Maar een andere sleutel bij het kijken naar oprichters is om alleen de honden op te nemen die nakomelingen hebben voortgebracht. Als er geen genetisch materiaal wordt doorgegeven, wat maakt het dan uit als die grondlegger 'erkend' is, maar nu voor ons verloren is?
De onderste vijf oprichters vormen 84% van de genetische bijdrage aan Staby’s die vandaag in leven zijn.
  
Onze nieuwe analyse kan zelfs aantonen welke oprichters een zeer lage vertegenwoordiging hebben en op het punt staan volledig verloren te gaan. We kunnen dan trachten te zoeken welke honden belangrijk zijn om onze populatie te redden.
Deze analyse laat zien hoeveel stamgenen die mogelijk aanwezig zijn in de Staby's die nog beschikbaar zijn voor de fokkerij. De uniciteit van het genoom van een dier is de waarschijnlijkheid dat het allelen van de grondlegger bevat die in de huidige populatie in geen enkel ander dier (normaal gesproken) aanwezig zijn. Zie dit als "oprichter zeldzaamheid". We zouden moeten werken om zoveel mogelijk van deze diversiteit te redden voordat het verloren gaat, ongeacht het type of bekende mutaties!
 
Een andere bruikbare maatstaf is het aantal effectieve voorouders (Boichard et al). Het is vergelijkbaar met het aantal oprichtersequivalenten, behalve dat het ook rekening houdt met knelpunten in de pedigree.
  Men doet dit door de marginale bijdrage van elke voorouder - niet elke oprichter - aan de huidige populatie uit te werken om de voorouders met de meeste invloed te vinden, en herhaalt het proces waarbij ervoor wordt gezorgd dat de bijdrage van een eerder geïdentificeerde invloedrijke voorouder niet meer dan één keer wordt overwogen .
Het resultaat is een lijst van de meest invloedrijke voorouders, en een metriek, het aantal effectieve voorouders. Het heeft een standaardsymbool in de populatiegenetica - 'fa'. Dit aantal is altijd kleiner dan of gelijk aan fe.
  
 van twee honden in ons verleden - Johnny en Elskeh fen't Hounehiem - die 70% vertegenwoordigen.
 Nog eens 19% komt uit Berend fen't Butenfijld.
 Er zijn slechts 6,32 oprichtersequivalenten en 3,56 effectieve oprichters voor deze groep - veel te weinig om een ​​goede gezondheid te behouden.
Dit is het analyserapport van het gebruik van PLINK en TASSEL voor de 191 Staby's die tot nu toe het EMBARK-dna-onderzoek hebben gedaan. Wat je hier ziet is een kleurgecodeerde lijst van ongeveer 80 SNP-sites voor 35 honden -- een heel klein gedeelte, aangezien er in totaal meer dan 220.000 sites zijn.
De kolommen met een effen kleur zijn homozygoot en die met meerdere kleuren zijn heterozygoot met verschillende kleuren voor het belangrijkste allel.
 
Bovendien kunnen wetenschappers, door uw gezondheidsinformatie up-to-date te houden in zowel ZooEasy als op uw EMBARK-profiel, de gezondheidsgegevens gebruiken om misschien de DNA-mutaties voor complexe gezondheidsproblemen zoals kanker of epilepsie te bespreken. Werk dus elk jaar uw EMBARK-gezondheidsprofiel voor uw honden bij!!
 
Hier zie je dat we momenteel een buitensporige hoeveelheid contributie hebben
Al deze informatie die via deze dia wordt getoond, is alleen van diepgaande stamboomanalyse, we komen nog niet in het DNA-gedeelte van wat we nog kunnen leren.
Door de gegevens van uw hond beschikbaar te stellen voor onderzoek, kunnen universiteiten en genetici meer te weten komen over ziekten bij honden en mensen.
Diversiteit in DNA-markers staat voor diversiteit in het hele genoom”.
  
De beschikbaarheid van grote aantallen SNP-markers heeft geresulteerd in nieuwe mogelijkheden om genetische diversiteit in meer detail te schatten en om de prioriteitstelling van dieren voor het behoud van genetische diversiteit te verbeteren.
  
Een voordeel van SNP-markers is dat we genetische diversiteit in specifieke regio's over het genoom kunnen observeren. Op stamboom gebaseerde diversiteit weerspiegelt een gemiddelde schatting van de genetische diversiteit, en als zodanig kunnen genoomregio's met een hogere of lagere diversiteit niet worden geïdentificeerd.
  
Identificatie van regiospecifieke genetische diversiteit door middel van DNA, stelt ons in staat om regio's te identificeren met de laagste diversiteit, waar het risico om genetische diversiteit te verliezen het grootst is. Wanneer we regio's met een lage genetische diversiteit hebben geïdentificeerd, kunnen we vervolgens actie ondernemen om de genetische diversiteit in deze regio's te behouden.
 

We hebben geleerd dat ons ras voornamelijk één dominant mitochondriaal DNA heeft – A381 en één dominant Y Haplotype – H1a.14.
Hoewel het typisch is voor rassen om een of twee gemeenschappelijke haplotypes te hebben, is het op zich geen reden tot bezorgdheid als de nucleaire DNA-diversiteit hoog is. Dat is NIET het geval voor Stabijhoun, wiens diversiteit vrij laag is



 
De gemiddelde heterozygotie in dna-geteste Staby's is slechts 19,7%. De gemiddelde heterozygotie voor alle rassen ligt dichter bij 25-28%. Met behulp van de Matchmaker Tool op EMBARK kunnen we zelfs een paringscontrole doen om te zien hoe de vader en moeder op chromosoomniveau zouden "matchen".
 
Door te kijken naar de reeksen van homozygotie in een "paar" van twee honden, kunnen we zien waar de honden verschillende homozygote DNA-strengen hebben (oranje) of waar ze dezelfde homozygote DNA-strengen delen (rood). Je kunt ook in grijs zien waar ze allebei heterozygoot zijn en dus een lagere COI. De verwachte COI voor elke match wordt ook voor u berekend door EMBARK.
  
Hier hebben we alle gegevens verzameld die het nuttigst zijn voor het fokken van Stabijen.
 Elke kolom kan worden gesorteerd om de beste beschikbare partner te zien op naam, registratie, geslacht, geboortedatum, stamboom COI. DNA COI, Mean Kinship, % Heterozygosity, Fis, Location, Color, MT DNA, Y Haplotype, # Offspring, Cerebrale Dysfunctie, Ziekte van Von Willebrand,
Degeneratieve Myelopathie, Locus Details, # Unieke Voorouders, etc.
Alles op één plek voor elke fokbare Staby die nu leeft .
 
Een rasadviseur kan hier ook meer gezondheidsgegevens aan toevoegen of dat deel overlaten aan de laatste en noodzakelijke controle op ZooEasy. Het geeft ons de mogelijkheid om snel te zoeken naar mogelijke matches. Samen met de kaart met COI voor alle mogelijke fokkandidaten, kunnen fokkers EN fokkersadviseurs ervoor zorgen dat genetisch materiaal niet wordt vergeten!
Zou dit het vinden van een match om te onderzoeken op type en andere fenotype-eigenschappen van het ras niet gemakkelijker maken?
 
 
Ongetwijfeld zie je hoeveel werk er wordt verzet om dit soort analyses mogelijk te maken.
 
We hebben mensen nodig om de gegevens te analyseren. Wanneer nieuwe  groepen honden worden getest of nieuwe nesten worden geboren, moeten databases en onderzoeken worden bijgewerkt.
 
Deelname van leden is belangrijk om ervoor te zorgen dat de overlijdensdatum, fokkandidaten en gezondheidsinformatie up-to-date  blijven.
 
We hebben ook vrijwilligers nodig om de fokvoorschriften te bestuderen voor veranderingen die het ras zullen helpen en om beleid en rassen voor te stellen om te overwegen voor outcross.
 
Zonder aan uitkruising te doen, hebben we geen mogelijkheid om dit ras voor uitsterven te behoeden.
 
Herinneren? Zonder variatie of diversiteit is er geen verandering of vooruitgang mogelijk!
 
Je schudt alleen hetzelfde spel kaarten met steeds minder mogelijkheden om een Full House of een Straight te krijgen, om pokerterminologie te gebruiken. We moeten de koppen bij elkaar steken en ontdekken welke nieuwe rassen het beste passen om diversiteit terug te brengen.
 
En natuurlijk hebben we doorlopend DNA-onderzoek nodig om onze voortgang te volgen.
Het belangrijkste is dat we samen moeten werken om het ras gezond te houden.
 
Terwijl Nederland in het verleden de bron was van al het genetisch materiaal, hebben we nu subtiele verschillen in onze fokprogramma's.
 
Hoewel de ASA begon met het verzamelen van DNA en het delen van ons onderzoek, hebben veel van de andere Stabij-clubleden erg meegewerkt.
Die samenwerking moeten we voortzetten.
 
Speciale dank gaat uit naar de UK Association voor hun steun aan deze inspanning. We hebben ook contact met een aantal adviseurs die enthousiast zijn over ons onderzoek en met deze gegevens veel verder kunnen gaan dan we alleen konden. -- Jack Windig aan de Wageningen Universiteit -- Pieter Olihoek bij ICB en DogsGlobal.com
 
 

Hoe gaan we verder?

Laten we blijven zoeken naar honden, met name niet-stamboommannetjes, die nieuw genetisch materiaal voor het ras zouden kunnen brengen. Meer onderzoek naar honden die momenteel niet worden gefokt, maar nog intact zijn, met of zonder stamboom, zou praktisch zijn. We weten dat er meer van deze honden zijn dan stamboom Stabijs!
DNA-testen nemen het giswerk weg van welk materiaal u aan uw ras toevoegt. Ja, de geschiedenis van eventuele gezondheidsproblemen kan ontbreken, maar zou u niet liever een kans wagen op een hond met 7-14% COI voor ALLE generaties, dan een "gezonde" lijn met 30% inteelt? Wat is er in die regels mogelijk nog nooit gemeld? In beide situaties is er volop 'gissen'.
Wat valt op in het DNA van de niet-rashonden? Op één na hebben ze allemaal een ander mitochondriaal DNA dan de rashonden, terwijl slechts één hond, Napoleon, een ander Y-haplotype heeft. Het lijkt erop dat onze "stamboomreuen" een beetje buiten de club rondlopen!
Dus hoeveel diversiteit brengt het echt voor het ras als we deze mannetjes gebruiken? VEEL! Kijk naar de lage inteeltpercentages en het percentage heterozygote genen. De meeste dragen het tan point-allel, maar 4 van de zes zijn hoe dan ook dominant zwart in de K-locus, dus ze kunnen geen driekleur geven. Geen van hen is drager van vWD.
Ten slotte is het gebruik van deze honden het equivalent van een "FAST-FORWARD"-knop in ons uitkruisingsprogramma. Twee zijn al raszuiver, dus gelijk aan een F3-generatie, en twee zijn 75% Staby, wat gelijk is aan een F-2-generatiehond.
In één kweek zouden alle nakomelingen F-3 of 100% Staby zijn.
Welke andere rassen zouden voor ons een goede keuze kunnen zijn om de genetische diversiteit te herstellen?

Hebben deze rassen DNA-testen en analyses gedaan? Met testen en analyse weten we meer over welke genetische mutaties er in die rassen kunnen bestaan of welke positieve allelen kunnen worden bijgedragen door een outcross.
We raden aan om alleen DNA-getest kweekmateriaal te gebruiken.
  
We kunnen dit ras niet laten verdwijnen !!!
 
 
Terug naar de inhoud